Aunque el Ministerio de Justicia fue creado en 1890 como una entidad administrativa encargada de la vigilancia y auxilio de la Rama Judicial, fue suprimido en 1894, al parecer por iniciar y tramitar una investigación sobre la ejecución de los contratos celebrados para la construcción de los ferrocarriles de Antioquia y de Santander.
No obstante, ante la necesidad de imprimir una verdadera técnica a la realidad judicial, el 21 de diciembre de 1945, se dio vida nuevamente al Ministerio, teniendo como funciones la vigilancia y control del funcionamiento del Órgano Judicial; los establecimientos de detención, pena y medidas de seguridad; la Policía Judicial, y los demás asuntos que le asigne la ley, relacionados con la administración de justicia, la represión y la prevención de la delincuencia, y la reforma de la legislación civil y penal. Además se encargaría de la dirección suprema del Ministerio público.
En 1960 se reorganizó su estructura, asignándole entre sus principales funciones: velar porque se administre pronta y cumplida justicia; vigilar la Rama Judicial; estudiar e investigar las causas del delito y su prevención; protección y corrección de los menores; organización y dirección de establecimientos carcelarios; dirección y vigilancia de la instrucción criminal del país; preparación de reformas legislativas; reconocimiento de personerías jurídicas; cambio de radicación de procesos penales y extradiciones.
El Gobierno Nacional en 1964 determinó la creación de las penitenciarias, colonias agrícolas y cárceles de cabecera de Distrito Judicial, cuya dirección y administración estaba bajo la tutela del Ministerio de Justicia. En 1973, empezó a regir en el país el primer Estatuto para la Prevención y Depresión de la Producción, tráfico y consumo de estupefacientes, y se creó el Consejo Nacional de Estupefacientes y la Oficina de Estupefacientes del Ministerio de Justicia.
Tras una nueva reorganización, se asignaron como funciones al Ministerio de Justicia, formular la política de Estado en materia de justicia; realizar investigaciones socio-jurídicas y criminológicas para determinar la eficacia de la legislación vigente o propiciar su reforma; prestar a la Rama Jurisdiccional y a la Dirección General de Instrucción criminal los auxilios administrativos, técnicos, científicos y económicos necesarios para el ejercicio de sus funciones y cumplimiento de las providencias; organizar, administrar y vigilar los establecimientos de detención y preparar medidas de tratamiento y rehabilitación de la población carcelaria y penitenciaria; atender la correcta y eficaz prestación de los servicios de notariado y registro.
Con la Constitución Política de 1991 el Ministerio de Justicia, abandonó su carácter de organismo administrador de juzgados y cárceles para transformarse en una entidad planificadora de políticas en materia jurídica y judicial e impulsadora de reformas legislativas y evaluadora permanente de la eficacia de la legislación, promoviendo las soluciones prejudiciales de conflictos y la cooperación y asistencia jurídica en la comunidad internacional.
En el año 2003, a través de la Ley 790 de 2002, se dio paso a la fusión del Ministerio del Interior y de de Justicia y del Derecho. Este proceso permitió renovar y modernizar la estructura de la rama ejecutiva del orden nacional, con la finalidad de garantizar la adecuada atención de los ciudadanos.
Posteriormente, el 11 de agosto de 2011, el Presidente de la República Juan Manuel Santos, firmó el Decreto 2897 que revivió esta cartera ministerial, pues en virtud del artículo 1 de la Ley 1444 de 2011, se escindieron del Ministerio del Interior y de Justicia los objetivos y funciones asignadas al despacho del viceministro de Justicia y del Derecho, y de las dependencias a su cargo.
El artículo 4 de la Ley mencionada creó el Ministerio de Justicia y del Derecho.
